生态厕所由于其增加了净化设施和能源利用设备，因此其建造费用较传统的厕所要高一些，但是采用新技术后带来明显的节水、省维修，甚至有附产品产生的好处。对生态厕所的价值更应放在大环境中去考虑，对于那些就地实现废物的无害化的生态厕所，它们节省了粪污处费用和对下水道的依赖，其价值和重要性更为可观。

工地移动厕所 从2000年北京市生态的处理设施实际投资上看，建造费用一般在1.5~2.0万元/吨水范围内。（粪污水日处理量为统计单位，每人次用水量10L左右，粪污水COD一般为8000~10000mg/L）。对于纯生物菌种生态厕所费用较高，达到2.2~2.3万元/吨水。一般而言日处理量越大，单位投资和运行费越低。例如5吨/日以下派特森型生态厕所，投资基本上一样，为10~12万元左右，吨水运行费为1.4元/吨。